Sementara Portugis memiliki monopoli pengangkutan rempah-rempah dari Hindia Timur, pedagang Belanda memainkan peranan penting sebagai perantara dalam kelanjutan distribusi rempah-rempah di Eropa. Pada awal tahun 1600-an, muncul insentif kuat bagi Belanda untuk langsung memasuki area perdagangan rempah-rempah. Ketika Jan Huyghen van Linschoten - seorang Belanda yang melayani Portugis - menerbitkan informasi rahasia tentang navigasi ke Timur Jauh, para pedagang Belanda memulai ekspedisi independen mereka ke Asia Tenggara. Pendirian Verenigde Oostindische Compagnie (VOC) atau United East India Company – sebuah koalisi perusahaan dagang yang ada – mengharuskan factorijen atau pos perdagangan dibuat di Asia Tenggara, dengan Batavia sebagai pusatnya.
Pelabuhan kuno
Batavia terletak di pantai utara Jawa, di muara Sungai Ciliwung, pelabuhan kuno Sunda Kelapa. Pangeran Jayakarta, seorang penguasa kota Pelabuhan Jayakarta, menandatangani perjanjian dengan Gubernur Jenderal Jan Piertszoon Coen yang mengizinkan VOC membangun gudang di tepi timur sungai, yang merupakan jalan bagi VOC untuk memasuki pelabuhan. Sultan Banten, bersama dengan Inggris, menentang kehadiran Belanda dan secara terpisah mengepung pemukiman tersebut. Sebuah kebuntuan angkatan laut mengakibatkan Jenderal Jan Piertszoon Coen meratakan pemukiman Jawa pada tahun 1619 dan menggantinya dengan markas besar VOC Asia yang berupa benteng Kastil Batavia.
Para Sultan Jawa
Sultan-sultan Jawa tidak menyambut baik kehadiran orang-orang Eropa ini. Kerajaan Mataram yang kuat yang menguasai Jawa Tengah dan Jawa Timur serta memiliki kepentingan di Banten di barat, menolak keras kehadiran Belanda. Pada tahun 1628 dan 1629, Sultan Agung Mataram melancarkan serangan ke Batavia yang berhasil digagalkan oleh Belanda. Gesekan dengan Banten, yang juga merupakan benteng Perusahaan Hindia Timur Inggris, terus berlanjut hampir sepanjang abad ketujuh belas. Serangan-serangan ini berakhir pada tahun 1684, ketika putra sultan yang berkuasa Abdul Kahar bersekutu dengan Belanda untuk menggulingkan ayahnya, Sultan Agung Banten. Sultan yang baru memberikan hak monopoli kepada VOC atas lada di Banten, dan pabrik-pabrik saingan Eropa di kota itu lalu ditutup. Belanda diberikan tanah untuk membangun benteng lain, tetapi pelabuhan saingannya tenggelam, memberikan keunggulan kepada pelabuhan Batavia.